Tổ công tác liên ngành gồm 16 thành viên đại diện cho các sở, ngành, UBND các quận có cửa khẩu cảng biển, do Giám đốc Sở Giao thông Vận tải TPHCM làm tổ trưởng. Tổ công tác có nhiệm vụ tham mưu, đề xuất UBND TP.HCM trong công tác chỉ đạo thực hiện quy hoạch theo Quyết định số 1579/QĐ-TTg ngày 22/9/2021 của Thủ tướng Chính phủ về phê duyệt quy hoạch tổng thể phát triển hệ thống cảng biển Việt Nam thời kỳ 2021-2030, tầm nhìn đến năm 2050.
Tham mưu, đề xuất UBND TP.HCM kế hoạch đầu tư phát triển hệ thống hạ tầng cảng biển thành phố theo quy hoạch và chiến lược phát triển bền vững kinh tế biển Việt Nam đến năm 2030; kế hoạch di dời, chuyển đổi công năng phù hợp quy hoạch sử dụng đất và phát triển không gian đô thị của TP.HCM đối với khu bến trên sông Sài Gòn.
Ngoài ra, tổ công tác liên ngành có nhiệm vụ tham mưu trong công tác xúc tiến đầu tư, huy động các nguồn vốn và các cơ chế, chính sách cần thiết, khả thi, hiệu quả để triển khai thực hiện phát triển hệ thống hạ tầng cảng biển TP.HCM; phối hợp với Bộ Giao thông Vận tải, các bộ, ngành, đơn vị liên quan về chuyên môn kỹ thuật chuyên ngành, phạm vi, quy mô, tiến độ đầu tư xây dựng phát triển hệ thống hạ tầng cảng biển thành phố đảm bảo tuân thủ quy định về quy hoạch và đầu tư xây dựng và thực hiện các nhiệm vụ khác theo phân công, chỉ đạo của UBND TP.HCM.