Các hiệp hội doanh nghiệp cho rằng, theo quy định đóng phí hạ tầng cảng biển, doanh nghiệp phải đóng phí hai lần đối với các lô hàng xuất khẩu phải sử dụng nguyên liệu nhập khẩu. Bởi vì, hầu hết doanh nghiệp ngành hàng xuất khẩu đều có nhu cầu nhập khẩu nguyên liệu để chế biến, gia công hàng và tái xuất thành phẩm, như vậy doanh nghiệp sẽ phải chịu hai lần phí: một lần cho container hàng nhập khẩu và một lần cho container hàng xuất khẩu.
Như vậy, việc thu phí này chưa phù hợp khi doanh nghiệp đang phải trả rất nhiều chi phí phục vụ mục tiêu xây dựng, mở rộng cơ sở hạ tầng của các địa phương, đồng thời đi ngược lại chủ trương chung của Chính phủ thúc đẩy việc đơn giản hóa thủ tục hành chính, cắt giảm chi phí cho doanh nghiệp nhằm nâng cao năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp, duy trì việc làm cho người lao động.
Hiện nay, một lượng lớn hàng hóa xuất nhập khẩu đang tập trung tại các cảng biển của TP.HCM. Các chi phí logistics của Việt Nam cũng đang ở mức cao so với các nước trong khu vực, làm giảm sức cạnh tranh đáng kể của các doanh nghiệp sản xuất, kinh doanh của Việt Nam. Quy định thu phí mới này của TP.HCM sẽ gia tăng thêm gánh nặng chi phí cho doanh nghiệp, nhất là trong bối cảnh các doanh nghiệp của Việt Nam đang phải vật lộn để duy trì sản xuất, khắc phục khó khăn do khủng hoảng kinh tế vì dịch bệnh Covid-19 đang bùng phát khắp toàn cầu.
Để đảm bảo tuân thủ định hướng của Chính phủ về cắt giảm thủ tục hành chính, giảm chi phí cho doanh nghiệp và hỗ trợ doanh nghiệp vượt qua khủng hoảng kinh tế, tăng sức cạnh tranh cho doanh nghiệp trong bối cảnh khó khăn do dịch bệnh Covid-19, các hiệp hội doanh nghiệp đề nghị Chính phủ, Hội đồng Tư vấn cải cách thủ tục hành chính có ý kiến với HĐND và UBND TPHCM để xem xét:
Chưa triển khai thực hiện thu các loại phí nói trên cho đến hết ngày 31/12/2022 nhằm tạo điều kiện cho doanh nghiệp cắt giảm chi phí, phục hồi sản xuất kinh doanh theo chủ trương của chính phủ hỗ trợ doanh nghiệp khắc phục khó khăn do dịch bệnh Covid-19 gây ra. Điều chỉnh các mức thu nói trên giảm xuống theo hướng công bằng, cắt giảm chi phí cho doanh nghiệp, không tạo thêm gánh nặng về thủ tục hành chính và gây ách tắc cho việc thực hiện thủ tục hành chính.
TPHCM cần công bố chính thức thời gian bắt đầu và kết thúc, cũng như kế hoạch sử dụng nguồn thu từ các khoản phí nói trên (theo đúng quy định của Điều 8, Luật Phí và Lệ phí là thu để cơ bản bù đắp chi phí đã đầu tư) để đầu tư vào các công trình cụ thể nào trong từng năm cũng như công khai, minh bạch các khoản thu, chi, đảm bảo không sử dụng ngân sách thu từ các khoản này vào các hoạt động, các công trình không phục vụ hoạt động vận chuyển, xuất nhập khẩu tại các cảng biển của các doanh nghiệp.