Theo đó, một số kết quả tích cực đã đạt được trong cải cách hoạt động quản lý, kiểm tra chuyên ngành có thể kể đến như: số mặt hàng phải thực hiện quản lý, kiểm tra chuyên ngành đã giảm từ 100.000 (năm 2015) xuống còn 78.000. Tỷ lệ các lô hàng xuất nhập khẩu phải kiểm tra chuyên ngành tại giai đoạn thông quan chỉ còn 19,4%, so với mức 30-35% trước đây. Ngoài ra, tính đến tháng 6/2020 đã có 13 bộ, ngành tham gia kết nối với 198 thủ tục hành chính qua cơ chế một cửa.
Tuy nhiên, sự chuyển biến trong cải cách chưa đạt được mục tiêu mà Chính phủ đặt ra. Mục tiêu của Chính phủ là giảm 50% mặt hàng kiểm tra chuyên ngành tại thời điểm thông quan. Một mục tiêu khác là tỷ lệ các lô hàng xuất nhập khẩu phải kiểm tra chuyên ngành tại giai đoạn thông quan dưới 10%.
Tính đến nay đã có 13 bộ, ngành tham gia kết nối 198 thủ tục hành chính qua cơ chế một cửa quốc gia, nhưng nhìn chung vận hành chưa hiệu quả, cách làm vẫn hình thức, vừa làm truyền thống và vừa làm online, vô hình trung gây khó cho doanh nghiệp.
Trong gần hai năm, số lượng văn bản về quản lý, kiểm tra chuyên ngành đã tăng lên hơn 120 văn bản, điều đó đã gây khó khăn, lúng túng cho cả doanh nghiệp và cơ quan hải quan trong việc theo dõi, cập nhật và áp dụng. Trong khi đó, chất lượng văn bản còn chưa cao, thường xuyên thay đổi, điều chỉnh, thậm chí có quy định ở văn bản mới còn mâu thuẫn và trái ngược với quy định của pháp luật hiện hành. Nhiều lĩnh vực chưa áp dụng đầy đủ nguyên tắc “quản lý rủi ro” trên cơ sở mức độ tuân thủ pháp luật của doanh nghiệp và mức độ rủi ro của hàng hóa theo chỉ đạo của Chính phủ.
CIEM đã nghiên cứu và phát hiện 12 nhóm bất cập. Các bất cập này đã nêu nhiều lần nhưng chuyển biến chậm, dẫn tới nhiều rủi ro cho doanh nghiệp như chi phí lưu kho bãi, phạt hành chính do chậm thông quan, lỡ cơ hội kinh doanh của doanh nghiệp. Đồng thời, chưa cắt giảm chi phí theo đúng chỉ đạo của Thủ tướng về cắt giảm chi phí cho doanh nghiệp.
Chẳng hạn như phí kiểm dịch thú y và vấn đề lấy mẫu kiểm nghiệm. Theo phản ánh của cộng đồng doanh nghiệp, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn luôn là nơi lấy số lượng mẫu nhiều nhất, số lượng/khối lượng mẫu quá lớn, kết quả chỉ có 1 thử nghiệm nhưng tính phí theo số lượng mẫu, 5 mẫu thì tính phí tương tự như 5 thử nghiệm.
Hay trong khi danh mục mặt hàng quản lý, kiểm tra chuyên ngành vẫn tương đối rộng (78.000 mặt hàng), thì vẫn có mặt hàng chưa đầy đủ mã hồ sơ hoặc chưa đầy đủ tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật.
Đối với kiểm tra nhà nước về an toàn lao động thực hiện trước thông quan, đây là quy định phi lý, được phản ánh nhiều lần, song chưa có động thái sửa đổi nào. Trong khi đó, quy định về kiểm tra hiệu suất năng lượng tạo thêm nhiều gánh nặng chi phí và thời gian bất hợp lý cho doanh nghiệp. Đây là vấn đề được phản ánh nhiều lần nhưng chưa được bộ ngành nào quan tâm. Cách thức quản lý, kiểm tra chuyên ngành hiện nay đang quá mức cần thiết, chưa áp dụng rộng rãi thông lệ quốc tế tốt, tạo rào cản không cần thiết cho doanh nghiệp, khiến doanh nghiệp mất sức cạnh tranh.
CIEM kiến nghị, Chính phủ yêu cầu các Bộ trưởng chỉ đạo sát sao việc thực hiện các mục tiêu, nhiệm vụ, giải pháp đề ra tại các Nghị quyết liên quan tới cải cách quản lý, kiểm tra chuyên ngành. Đặc biệt, cần tăng cường đối thoại với doanh nghiệp, giải quyết triệt để các vấn đề và khuyến khích cộng đồng doanh nghiệp chia sẻ và tham gia thảo luận chính sách…