Cụ thể, bến phà Cát Lái (nối quận 2, TP.HCM với huyện Nhơn Trạch, Đồng Nai) vẫn hoạt động nhằm đảm bảo việc lưu thông hàng hóa và nhu cầu đi lại của công nhân đến làm việc tại các cơ sở sản xuất (đặc biệt là các khu công nghiệp khu chế xuất, khu công nghệ cao, cụm cảng biển...) trên địa bàn TP.HCM và tỉnh Đồng Nai, góp phần ổn định sản xuất hàng hóa. Tuy nhiên, UBND quận 2 nên thực hiện các biện pháp đảm bảo an ninh trật tự, tránh tụ tập đông người tại đầu bến Cát Lái trên địa bàn quận 2.
Trong khi đó, bến phà Bình Khánh (nối huyện Nhà Bè với huyện Cần Giờ) vẫn tiếp tục duy trì hoạt động phục vụ cho công nhân và người lao động tại huyện Cần Giờ làm việc ở các khu chế xuất, đảm bảo nhu cầu đi lại thiết yếu cho người dân huyện Cần Giờ, đồng thời phục vụ thường xuyên cho xe vận chuyển người cách ly đến các khu cách ly tập trung tại Cần Giờ. Tuy nhiên, trong quá trình hoạt động, hành khách đi trên phà phải bắt buộc đeo khẩu trang, thực hiện nghiệm việc giữ đúng khoảng cách tối thiểu 2m, tránh tụ tập hai đầu bến. Phà không chở quá 50% sức chứa.
Ngoài ra, Sở Giao thông Vận tải thông báo tạm dừng tất cả bến khách ngang sông và bến thủy nội địa phục vụ vận tải hành khách trên địa bàn TP.HCM từ 22 giờ ngày 1/4/2020 đến hết ngày 15/4/2020. Riêng tuyến đò từ Cần Giờ - Cù Lao Phú Lợi, xã Thạnh An và tuyến Cù Lao Phú Lợi - Thiềng Liềng vẫn hoạt động bình thường với điều kiện thực hiện đảm bảo công tác phòng chống dịch. Cảng vụ đường thủy nội địa TP.HCM, Trung tâm Quản lý đường thủy triển khai đến các bến khách ngang sông, bến thủy nội địa và người dân được biết. Thanh tra Sở Giao thông Vận tải TP.HCM có trách nhiệm kiểm tra, xử lý các trường hợp vi phạm.