Về cơ cấu tổ chức của Hội đồng kiểm tra nhà nước về công tác nghiệm thu công trình xây dựng, Bộ trưởng Bộ Xây dựng làm Chủ tịch Hội đồng. Các Phó chủ tịch Hội đồng gồm: Thứ trưởng Bộ Xây dựng (Phó chủ tịch Thường trực); Thứ trưởng Bộ quản lý công trình xây dựng chuyên ngành có liên quan; lãnh đạo UBND cấp tỉnh nơi xây dựng công trình.
Các Ủy viên Hội đồng gồm: Cục trưởng Cục Giám định Nhà nước về chất lượng công trình xây dựng (Ủy viên Thường trực Hội đồng:); lãnh đạo cơ quan chuyên môn về xây dựng hoặc cơ quan chuyên môn theo phân công (sau đây gọi là cơ quan chuyên môn) trực thuộc Bộ quản lý công trình xây dựng chuyên ngành có liên quan; Giám đốc Sở Xây dựng địa phương nơi xây dựng công trình; lãnh đạo Sở quản lý công trình xây dựng chuyên ngành địa phương nơi xây dựng công trình; người đại diện theo pháp luật của chủ đầu tư xây dựng công trình.
Hội đồng làm việc theo chế độ tập thể dưới sự chỉ đạo của Chủ tịch Hội đồng. Hội đồng có nhiệm vụ kiểm tra công tác nghiệm thu bao gồm: định kỳ hoặc đột xuất trong quá trình thi công xây dựng; tại các giai đoạn chuyển bước thi công quan trọng và khi hoàn thành thi công xây dựng công trình, hạng mục công trình để đưa vào khai thác, sử dụng theo quy định.
Bên cạnh đó, báo cáo Thủ tướng Chính phủ định kỳ hằng năm về kết quả hoạt động của Hội đồng, tình hình triển khai thi công xây dựng, công tác quản lý chất lượng công trình xây dựng; báo cáo đột xuất về những vấn đề kỹ thuật phát sinh, các khó khăn, vướng mắc, bất cập vượt thẩm quyền cần có ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ; trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt danh mục các công trình Hội đồng tổ chức kiểm tra hằng năm; thực hiện các nhiệm vụ khác do Thủ tướng Chính phủ giao.
Hội đồng có quyền yêu cầu chủ đầu tư, nhà thầu và các cơ quan, tổ chức có liên quan báo cáo, cung cấp thông tin, tài liệu phục vụ cho hoạt động của Hội đồng; chủ trì hoặc yêu cầu chủ đầu tư, các cơ quan, tổ chức liên quan giải quyết các vấn đề tồn tại hoặc xử lý các vấn đề kỹ thuật phát sinh được Hội đồng phát hiện trong quá trình kiểm tra công trình.
Hội đồng cũng có quyền yêu cầu chủ đầu tư tạm dừng thi công đối với các tổ chức, cá nhân liên quan khi phát hiện chất lượng thi công xây dựng không đảm bảo yêu cầu kỹ thuật, biện pháp thi công không đảm bảo an toàn, có nguy cơ xảy ra sự cố công trình xây dựng; đình chỉ tham gia xây dựng công trình đối với cá nhân liên quan không đáp ứng điều kiện hành nghề theo quy định; kiến nghị các cơ quan có thẩm quyền xử lý các tổ chức, cá nhân vi phạm các quy định của pháp luật trong hoạt động đầu tư xây dựng công trình.