Quá trình lập quy hoạch, Bộ Giao thông Vận tải phối hợp chặt chẽ và lấy ý kiến các bộ, ngành, địa phương cùng chuyên gia, nhà khoa học để bảo đảm đồng bộ giữa quy hoạch cảng biển với các quy hoạch ngành quốc gia có liên quan.
Theo quy hoạch mới được phê duyệt, hệ thống cảng biển Việt Nam giai đoạn mới sẽ được phân thành 5 nhóm thay vì 6 nhóm cảng biển như giai đoạn trước. Quy hoạch xác định mục tiêu đến năm 2030, hệ thống cảng biển Việt Nam đáp ứng thông qua lượng hàng hóa từ hơn 1,1 tỷ tấn đến hơn 1,4 tỷ tấn. Trong đó, hàng container từ 38-47 triệu TEU; hành khách từ 10,1-10,3 triệu lượt khách. Giai đoạn đến năm 2050, phát triển hệ thống cảng biển đồng bộ, hiện đại ngang tầm với khu vực và thế giới, năng lực đáp ứng nhu cầu thông qua hàng hóa với tốc độ tăng trưởng bình quân khoảng từ 4-4,5%/năm; hành khách tăng trưởng bình quân khoảng từ 1,2-1,3%/năm.
Bộ Giao thông Vận tải khẳng định, trong lịch sử ngành giao thông, chưa giai đoạn nào quy hoạch được làm tốt như giai đoạn này. Thay vì mỗi lĩnh vực làm quy hoạch ở các thời điểm khác nhau như trước đây, lần này quy hoạch 5 lĩnh vực (đường bộ, đường sắt, hàng không, đường thủy nội địa, hàng hải) được Bộ Giao thông Vận tải thực hiện đồng thời, giúp cho việc đánh giá tiềm năng, thế mạnh của từng lĩnh vực hiệu quả hơn, phù hợp với điều kiện thực tiễn hơn.