Theo dự thảo, cơ sở thực hiện xã hội hóa thành lập trước ngày Quyết định số 1470/QĐ-TTg ngày 22/7/2016 của Thủ tướng Chính phủ có hiệu lực thi hành không đáp ứng điều kiện theo danh mục chi tiết các loại hình, tiêu chí quy mô, tiêu chuẩn của các cơ sở thực hiện xã hội hóa trong lĩnh vực giáo dục - đào tạo, dạy nghề, y tế, văn hoá, thể thao, môi trường kèm theo Quyết định số 1466/QĐ-TTg ngày 10/10/2008 và Quyết định số 693/QĐ-TTg ngày 6/5/2013 của Thủ tướng Chính phủ có trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ thuế thu nhập doanh nghiệp như sau:
Cơ sở thực hiện xã hội hoá có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa không đáp ứng các điều kiện theo quy định tại Quyết định số 1466/QĐ-TTg ngày 10/10/2008, Quyết định số 693/QĐ-TTg ngày 06/5/2013 nhưng đáp ứng điều kiện của Quyết định số 1470/QĐ-TTg ngày 22/7/2016 của Thủ tướng Chính phủ thì cơ sở thực hiện xã hội hóa thực hiện khai bổ sung số thuế thu nhập doanh nghiệp còn thiếu, tự tính số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp hoặc cơ quan thuế thực hiện truy thu số thuế TNDN theo Quyết định xử lý truy thu thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế đến thời điểm đáp ứng Quyết định số 1470/QĐ-TTg ngày 22/7/2016 của Thủ tướng Chính phủ.
Cơ sở thực hiện xã hội hóa có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa không đáp ứng các điều kiện theo quy định tại Quyết định số 1466/QĐ-TTg ngày 10/10/2008, Quyết định số 693/QĐ-TTg ngày 6/5/2013 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định số 1470/QĐ-TTg ngày 22/7/2016 thì cơ sở thực hiện xã hội hóa thực hiện khai bổ sung số thuế thu nhập doanh nghiệp còn thiếu, tự tính số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp hoặc cơ quan thuế thực hiện truy thu số thuế TNDN theo Quyết định xử lý truy thu thuế theo quy định của Luật Quản lý thuế.
Cơ sở thực hiện xã hội hóa có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa quy định nêu trên không bị phạt vi phạm pháp luật về thuế và không tính tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế thu nhập doanh nghiệp tạm thời chưa truy thu theo quy định tại Điều 24 Thông tư số 151/2014/TT-BTC đến thời điểm Thông tư này có hiệu lực thi hành.
Kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành, cơ sở thực hiện xã hội hóa quy định nêu trên chưa nộp tiền thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ hoạt động xã hội hóa không đáp ứng các điều kiện thì bị tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm pháp luật về thuế (nếu có). Tiền chậm nộp được tính kể từ ngày Thông tư này có hiệu lực thi hành.
Cơ sở thực hiện xã hội hóa thành lập trước ngày Quyết định số 1470/QĐ-TTg có hiệu lực thi hành có thu nhập từ hoạt động xã hội hóa không đáp ứng các điều kiện theo quy định tại Quyết định số 1466/QĐ-TTg ngày 10/10/2008, Quyết định số 693/QĐ-TTg ngày 06/5/2013 nhưng đáp ứng các điều kiện theo quy định tại Quyết định số 1470/QĐ-TTg ngày 22/7/2016 thì thu nhập từ hoạt động xã hội hóa được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại tính từ thời điểm cơ sở xã hội hóa đáp ứng các điều kiện tại Quyết định số 1470/QĐ-TTg.
Bên cạnh đó, dự thảo cũng đề xuất bãi bỏ Điều 24 Thông tư số 151/2014/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 91/2014/NĐ-CP của Chính phủ về việc sửa đổi, bổ sung một số điều tại các nghị định quy định về thuế.