Hai thành phố lớn nhất cả nước là Hà Nội và TP.HCM nằm trong nhóm có xếp hạng thấp. Thủ đô Hà Nội nằm trong nhóm 16 tỉnh, thành phố có xếp hạng thấp nhất cả nước với 41,629 điểm. Trong khi đó, TP.HCM nằm trong nhóm 15 tỉnh, thành phố có xếp hạng trung bình thấp với 41,985 điểm. Năm 2019, TP.HCM xếp hạng PAPI thứ 31/63 tỉnh thành, với 43,79 điểm.