Theo đó, TP.HCM sẽ tổ chức thành phố Thủ Đức là một đô thị đa trung tâm. Trong đó một trung tâm chính là khu Thủ Thiêm, hai trung tâm khác tại khu vực Trường Thọ và khu vực Long Phước. Thành phố Thủ Đức sẽ phát triển trung tâm tài chính quốc tế tại Thủ Thiêm. Còn các trung tâm tại các phân vùng đô thị gắn với các cơ hội việc làm về thương mại, dịch vụ, nghiên cứu, đào tạo, sản xuất công nghệ cao... Trung tâm nghiên cứu, đào tạo và sản xuất công nghệ cao đặt tại Khu công nghệ cao TP.HCM.
Đáng chú ý, thành phố Thủ Đức tập trung phát triển theo 11 phân vùng đô thị được giới hạn bởi các tuyến đường giao thông liên vùng… Trong đó, tập trung phát triển 11 khu vực trọng điểm, kích thích kinh tế, đổi mới, sáng tạo. Các khu này, bao gồm khu trung tâm tài chính quốc tế Thủ Thiêm; khu đô thị thương mại, dịch vụ cảng, công nghiệp Cát Lái - Thạnh Mỹ Lợi; khu đô thị thương mại, văn hóa, sáng tạo, tương tác cao Trường Thọ; khu công viên và đô thị Tam Phú; khu đô thị sản xuất tiên tiến, thương mại dịch vụ Linh Trung.
Cùng với đó là khu sản xuất công nghệ cao, dịch vụ và đào tạo TP.HCM; khu đô thị và công viên lịch sử - văn hóa dân tộc Long Bình; khu đô thị và công viên khoa học - công nghệ TP.HCM tại Long Phước; khu đô thị sinh thái, công nghệ cao Long Phước - Tam Đa; khu vực thuộc Đại học Quốc gia TP.HCM.
Về giao thông sẽ bổ sung các hướng kết nối qua sông Sài Gòn, sông Tắc, sông Đồng Nai, để phát huy vai trò và giá trị trung tâm của thành phố Thủ Đức đối với TP.HCM cũng như đối với vùng TP.HCM.
Thành phố Thủ Đức cũng được xác định là đô thị loại 1 trực thuộc TP.HCM phát triển theo mô hình đô thị sáng tạo, tương tác cao; trung tâm phía Đông của TP.HCM về kinh tế, khoa học kỹ thuật và công nghệ, văn hóa, giáo dục - đào tạo.
Các trục cảnh quan chính gồm dải không gian công cộng ven sông Sài Gòn; dải không gian đô thị sinh thái - du lịch ven sông Đồng Nai; dải không gian mở Đông Tây kết nối Thủ Thiêm qua Rạch Chiếc sang đến khu vực Long Phước; dải không gian sáng tạo và văn hóa, kết nối khu vực công viên văn hóa lịch sử phía Bắc xuống tới khu đô thị sinh thái Long Phước.
Đối với khu vực Long Phước, Tam Đa và các khu vực đất trũng, hạn chế xây dựng ngầm và cần đảm bảo thoát nước theo mô hình thích ứng. Phát triển 4 trung tâm dịch vụ logistics quy mô khoảng 400-450ha tại Khu công nghệ cao TP.HCM; khu tổ hợp sản xuất, kinh doanh dịch vụ Linh Trung; trung tâm logistics Long Bình; trung tâm logistics Cát Lái.
Đặc biệt, trong đồ án quy hoạch chung đến năm 2040, thành phố Thủ Đức sẽ ưu tiên đầu tư các dự án gồm các dự án xây dựng hạ tầng kỹ thuật khung và giao thông công cộng, xây dựng và phát triển các khu trọng điểm phát triển. Đồng thời, phát triển công nghệ cao, kinh tế tri thức, sáng tạo; phát triển các khu TOD (mô hình phát triển đô thị gắn kết với giao thông công cộng…), các tổ hợp hỗn hợp với chức năng chính là nghiên cứu, đào tạo, sản xuất công nghệ cao, văn phòng, thương mại dịch vụ, hạ tầng xã hội. Đặc biệt là dịch vụ giáo dục, đào tạo, y tế, chăm sóc sức khỏe, văn hóa, thể dục thể thao, nhà ở xã hội…