Do ảnh hưởng dịch bệnh Covid-19, hồi tháng 5/2021, Tổng Liên đoàn Lao động đã ra văn bản hướng dẫn yêu cầu doanh nghiệp phải giảm từ 50% trở lên mới được lùi đóng kinh phí công đoàn. Còn theo quyết định mới, điều kiện lùi đóng đã được nới lỏng.
Cụ thể, doanh nghiệp có số lao động tham gia bảo hiểm xã hội giảm 10% vì dịch Covid-19 sẽ được lùi đóng kinh phí công đoàn đến hết ngày 31/12/2021. Sau ngày này, doanh nghiệp vẫn phải đóng bù kinh phí công đoàn trong thời gian tạm lùi. Theo quy định, mức đóng bằng 2% quỹ tiền lương làm căn cứ đóng bảo hiểm xã hội hằng tháng. Số người bị ảnh hưởng gồm ngừng việc, tạm hoãn hợp đồng, nghỉ không hưởng lương.
Cuối tháng 8/2021, 14 hiệp hội, ngành hàng từng kiến nghị cho doanh nghiệp tại địa bàn thực hiện Chỉ thị 16 được miễn đóng kinh phí công đoàn từ tháng 8 đến hết năm 2021. Các hiệp hội đồng thời đề xuất được dừng thu phí công đoàn, đoàn phí công đoàn đến ngày 30/6/2022 cho doanh nghiệp có 15% lao động trở lên phải tạm nghỉ việc; cho doanh nghiệp dùng quỹ công đoàn đang kết dư tại cơ sở để trả chi phí test nhanh, xét nghiệm, hỗ trợ người lao động đang gặp khó khăn. Song theo Tổng Liên đoàn Lao động, việc miễn giảm phải xin ý kiến Ủy ban Thường vụ Quốc hội và được Quốc hội thông qua, vì quy định này nằm trong luật.
Chính phủ hồi tháng 9/2021 cũng đề nghị Tổng Liên đoàn Lao động xem xét miễn nộp phí công đoàn năm 2021-2022 cho người lao động tại doanh nghiệp ảnh hưởng bởi dịch Covid-19; báo cáo Ủy ban Thường vụ Quốc hội cho phép doanh nghiệp được giảm kinh phí công đoàn cùng thời gian trên.