Nghị quyết 98 nêu rõ, căn cứ dự toán ngân sách nhà nước hằng năm đã được Quốc hội quyết định, Thủ tướng Chính phủ giao và tình hình thực tế của thành phố, HĐND TP.HCM quyết định dự toán, phân bổ ngân sách thành phố bảo đảm phù hợp với định hướng cơ cấu lại ngân sách nhà nước, phát triển kinh tế - xã hội và các lĩnh vực quan trọng theo quy định của Quốc hội và Chính phủ.
TP.HCM thực hiện cơ chế tạo nguồn thực hiện cải cách tiền lương theo quy định. Sau khi ngân sách thành phố bảo đảm đủ nguồn thực hiện cải cách tiền lương và các chính sách an sinh xã hội cho cả thời kỳ ổn định ngân sách theo quy định của cấp có thẩm quyền, HĐND TP.HCM được quyết định nhiều vấn đề.
Trong đó có sử dụng nguồn thực hiện cải cách tiền lương còn dư của ngân sách thành phố và cho phép ngân sách cấp dưới sử dụng nguồn cải cách tiền lương còn dư để đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng kinh tế - xã hội thuộc nhiệm vụ chi của ngân sách, chi thu nhập tăng thêm.
Tỷ lệ trích nguồn thu được để lại để tạo nguồn cải cách tiền lương đối với các cơ quan, đơn vị thuộc phạm vi quản lý có số thu lớn cho phù hợp. Bảo đảm nguyên tắc để các cơ quan, đơn vị này tự sắp xếp bố trí nguồn thực hiện cải cách tiền lương theo lộ trình do cơ quan có thẩm quyền quyết định. Ngân sách nhà nước không bổ sung để thực hiện cải cách tiền lương cho các cơ quan, đơn vị này.
Cho phép các cơ quan hành chính nhà nước, tổ chức chính trị, tổ chức chính trị - xã hội và đơn vị sự nghiệp công lập do thành phố quản lý sử dụng nguồn thực hiện cải cách tiền lương còn dư để tăng chi đầu tư, mua sắm, hoạt động chuyên môn của cơ quan, tổ chức, đơn vị, chi thu nhập tăng thêm.
Trong thời gian thực hiện nghị quyết này, chuyên gia, nhà khoa học, người có tài năng đặc biệt, cá nhân khởi nghiệp sáng tạo làm việc tại doanh nghiệp khởi nghiệp sáng tạo, tổ chức khoa học và công nghệ, trung tâm đổi mới sáng tạo và các tổ chức trung gian hỗ trợ khởi nghiệp đổi mới sáng tạo trên địa bàn TP.HCM được miễn thuế thu nhập cá nhân trong thời hạn 5 năm đối với thu nhập từ lương, tiền công.
HĐND TP.HCM quy định các nội dung tiền lương, tiền công, chế độ phúc lợi và chính sách ưu đãi khác đối với các chức danh lãnh đạo trong tổ chức khoa học và công nghệ công lập được xác định trên cơ sở trình độ, năng lực và yêu cầu công việc. Đồng thời quy định tiền thù lao thực hiện nhiệm vụ khoa học và công nghệ; tiêu chí, đối tượng, điều kiện được hưởng ưu đãi.
Về tổ chức bộ máy chính quyền của TP.HCM, Nghị quyết 98 nêu rõ UBND huyện thuộc thành phố có không quá 3 phó chủ tịch. Đối với phường, xã, thị trấn có quy mô dân số từ 50.000 người trở lên thì UBND phường, xã, thị trấn có không quá 3 phó chủ tịch.
Việc bầu, tuyển dụng, quản lý, sử dụng cán bộ, công chức làm việc tại xã, thị trấn và cán bộ phường thực hiện theo quy định của pháp luật về bầu cử, tuyển dụng, quản lý, sử dụng cán bộ, công chức và thuộc biên chế cán bộ, công chức cấp huyện trở lên được giao hằng năm.
UBND thành phố Thủ Đức, Chủ tịch UBND thành phố Thủ Đức được phân cấp, ủy quyền cho các cơ quan chuyên môn trực thuộc, thủ trưởng các cơ quan chuyên môn trực thuộc, UBND các phường, chủ tịch UBND các phường một số nhiệm vụ, quyền hạn thuộc thẩm quyền của UBND thành phố Thủ Đức, Chủ tịch UBND thành phố Thủ Đức.
HĐND TP.HCM quyết định tổ chức bộ máy, số lượng và chức năng, nhiệm vụ các phòng, ban chuyên môn, đơn vị trực thuộc thành phố Thủ Đức. UBND TP.HCM xem xét, quyết định thành lập, quy định chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức bộ máy của Thanh tra Xây dựng và Trung tâm Phát triển quỹ đất trực thuộc UBND thành phố Thủ Đức.
HDND thành phố Thủ Đức quyết định thành lập Ban Đô thị thuộc HĐND thành phố Thủ Đức. HĐND thành phố Thủ Đức có không quá 2 phó chủ tịch và có không quá 8 đại biểu hoạt động chuyên trách. UBND thành phố Thủ Đức có không quá 4 phó chủ tịch.
Nghị quyết 98 cho phép TP.HCM được thành lập Sở An toàn thực phẩm. Việc này thực hiện trên cơ sở chuyển chức năng quản lý nhà nước về an toàn thực phẩm, thanh tra, kiểm tra, xử lý vi phạm hành chính về an toàn thực phẩm, việc cấp giấy chứng nhận kiểm dịch sản phẩm động vật ra khỏi địa bàn thành phố từ Sở Y tế, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Sở Công Thương cho Sở An toàn thực phẩm.